Герои "Наруто" - обыкновенные жители Токио. Но всё же они шиноби. Они умеют то, что не умеют другие - концентрировать чакры, создавать дзюцу, сражаться за тех, кто им дорог...
Но это не мешает им оставаться и обычными людьми - работать, жить и любить... Шиноби они снова становятся только тогда, когда им угрожает смертельная опасность...

Район Коноха:

Район довольно живописный, в нём множество парков и садов, и он почти скрыт от посторонних глаз в зелени листвы. В нём живут настоящие шиноби, всегда способные защищать свои дома и свой "маленький мир", они сильны духом и никогда не стадутся врагу без боя. Всегда этот район славился талантливыми ниндзя. Каждый год Коноха радует выпускниками - юными генинами и чунинами. Много здесь и талантливых молодых джонинов, есть и великие нинздя. Глава Конохи - Тсунаде, один из легендарных Саннинов, она превосходно управляет Конохой и прекрасно разбирается в медецине.

Район Суна:

Суна находится в полупустыне, тут мало растительности и животных, район скрыт в песках. Много времени устанавливалась в районе мир и гормония. Но сейчас, с приходом к власти нынешнего управляющего - Гаары - всё поменялось. Суна как будто начала новую жизнь, у неё появились новые силы и возможности. Каждый год Суна и Коноха устраивают экзамены, на них они отбирают лучших и награждают их званиями чунина. Шиноби тут очень способные и талантливые, они тоже готовы трудиться и воевать на благо Суны.

Район Ото:

Много позже возникновения Конохи и Суны, недалеко от границы города легендарный Саннин Орочимару основал новый район Токио. Этот район очень тихий, люди в нём слышат лучше любых других людей в Токио, и район поэтому называется "скрытым в звуке". После ухода из Конохи Саске, единственного выжевшего наследника клана Учиха, славившегося на весь Токио, Орочимару начал тренировать его, надеясь получить тело Саске. У Орочимару были на то свои причины - он желал изучить все дзюцу на свете, жить вечно.

Три самых авторитетных района Токио узнали об организации Акацуки, занимающейся добычей джинчуурики. Шиноби этой организации - преступники S-ранга, они не отступят не перед чем, в их руках действительно большая сила...

С этого начинаются действия нашей игры. Акацуки отправляют двоих своих ниндзя - Акасуна но Сасори и Дейдару - для захвата джинчуурики Однохвостого, который находится в Гааре. Но смогут ли они это сделать или нет?..